在杭州注册公司时，选择小规模纳税人还是一般纳税人，主要取决于公司的实际经营情况、业务需求以及税收政策等因素。以下是对两者的详细比较，以帮助您做出决策：

一、认定标准与条件

1. 小规模纳税人：

• 年销售额在规定标准以下（目前通常为500万元以下）。

• 会计核算相对不健全，不能按规定报送完整的税务资料。

2. 一般纳税人：

• 年销售额超过规定标准（目前通常为500万元以上）。

• 会计制度相对完善，能够准确地向税务局提供完整的税务信息。

二、税率与征收方式

1. 小规模纳税人：

• 适用征收率，一般为3%或5%（具体根据行业和政策而定）。

• 采用简易计税方法，不得抵扣进项税额。

2. 一般纳税人：

• 适用税率，根据销售货物、劳务、服务、无形资产等的不同，税率有所不同（如6%、9%、13%等）。

• 可以抵扣进项税额，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。

三、税收优惠政策

1. 小规模纳税人：

• 享有较多的普惠性增值税优惠，如月销售额15万元以下（按季销售额45万元以下）免征增值税等。

• 还可以叠加享受其他税费优惠政策，如城建税、印花税、房产税等的减征。

2. 一般纳税人：

• 相对于小规模纳税人，享受的税收优惠政策较少。

四、发票使用与账务处理

1. 小规模纳税人：

• 销售货物只能开具普通发票，不能开具增值税专用发票。

• 账务处理相对宽松，但也要符合国家相关规定。

2. 一般纳税人：

• 销售货物既可开具普通发票，也可开具增值税专用发票。

• 账务处理非常严格，必须按照国家统一的会计制度来设置账本。

五、转换与灵活性

1. 小规模纳税人：

• 可以在满足一定条件下（如销售额未超过500万元）转为一般纳税人。

2. 一般纳税人：

• 除总局另有规定外，一般不得转为小规模纳税人。

六、建议

1. 考虑业务需求：如果公司主要面向的客户群体需要增值税专用发票以进行进项税额的抵扣，那么选择一般纳税人可能更为合适。

2. 评估税负：根据公司的实际经营情况和税收政策，评估不同纳税人身份下的税负情况，选择税负较低的方案。

3. 考虑长远发展：如果公司预计未来的销售额会持续增长并超过小规模纳税人的认定标准，那么可以考虑直接注册为一般纳税人，以避免未来因销售额增长而需要办理纳税人身份转换的繁琐手续。

综上所述，在杭州注册公司时选择小规模纳税人还是一般纳税人，需要根据公司的实际情况和需求进行综合考虑。如果您对公司的纳税人身份选择仍有疑问，建议咨询专业的税务顾问或会计师进行详细的评估和规划。